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天文至口单纯一石斋

《R语言实战》学习笔记和代码(第三章节)

眼不见也起确实——暗物质的陪同1

  • 九月 25, 2018
  • 天文
  • 没有评论

摘要

把科学论文正式刊出前将手稿放到预印本寄存平台上同同行分享,使其取得提前曝光和反馈的做法,已经当大体,天文与数学等领域受到吃周边认可。然而,预印本还未为神经科学领域所领。原因有或许是欠专门服务为神经科学领域的预印本寄存服务。为了化解此问题,我们启动了一个社区资助项目Preprints
of the R-fMRI Network
(PRN)。PRN为静息态功能性核磁共振成像(R-fMRI)以及神经科学相关的钻研提供免费的手稿提交和寄存服务。PRN会邀请世界内专家作为顾问,同the
R-fMRI
Network的别读者共同,对交付的手稿进行同行“评阅”和提供报告。所有的手稿与对手稿的申报还见面拿走一个但供应引用的永远链接地址,并得以免费开放取得。PRN的靶子是为所有“同行评审”机制的杂志发行体系提供上平台,使新型的研讨发现能够以世界范围外快速的通商。我们要PRN能协助神经科学领域接受预印本就无异于型,为相关研究提速,最终达成能落得提高人类精神健康之目的。

奥运会田径比赛之链球项目,铜球上什么样着链子,运动员到拿在链子,经过预摆和3~4绕连续加速旋转和最后努力,将链球掷出,谁丢得远谁就是愈。如果铜球被加速到得水平,链子会无会见断裂,铜球不再循运动员的预期轨迹而自动飞离?答案是会之。但只要链子足够牢靠,且运动员的手起足的整治紧链子,链球就意外不下,此时球跟着运动员和为与宽运动。

作者信息:

Chaogan Yan1-3, Qingyang Li3, Lei Gao3,4
1 The Nathan Kline Institute for Psychiatric Research, Orangeburg, NY,
USA
2 Department of Child and Adolescent Psychiatry, New York University
Langone Medical Center, New York, NY, USA
3 Editorial Office of PRN, the R-fMRI Network, Inc., New York, NY,
USA
4 Department of Radiology, the First Affiliated Hospital of Nanchang
University, Nanchang, China

宇宙中大自然运行为像链球运动。在地月系统,地球是运动员,引力是链子,月球是链球;在太阳系,太阳是运动员,引力是链子,八大行星是链球;在银河系,银河系所有物质是运动员,物质形成引力,将次第恒星系甚至是以银河系边缘的星紧紧抓着,绕在银河系中心做活动;再惦记大些,银河系也是一个链球,被室女所超过星系团这个多庞大的选手牵引着绕在那个基本走。当然,我们还可以想的重复常见些……宇宙的宇宙运转结构大体上如此。

引言

当朝风的学术期刊提交手稿,进行同行评审与上前,一些世界的研究者习惯将手稿作为预印本于圈子外散发。他们经过这种方式取得及时的反馈,用来加强手稿的质量担保文章会叫杂志接受,这无异做法同时也通向同行宣告了团结的钻。Paul
Ginsparg
博士当1991年呢物理学家们建立了资深的预先印随数据库arXiv(arXiv.org)。随着越来越多领域的科学家开始接受预印本,arXiv逐步扩充,目前带有了天文,数学,计算机对,非线性科学,定量生物学和统计学等课程(Ginsparg,
2011)。
arXiv上存贮了靠近百万篇之文献预印本全文(截至2013年11月1日,确切数据也983739篇)。arXiv的登记用户可付出手稿(支持多版本),而具备的访客均好免费浏览,查看和援arXiv上之另文章。尽管arXiv不提供评价网以及举报机制被用户向同行推荐感兴趣之章或为笔者提供报告,它仍是极其富有价值之学术资源。

研究者对预印本的态度仍其所当的园地不同而所有差别。神经科学领域就是以无利用预印本通告。神经科学家们通常为会见当通向杂志提交手稿之前将手稿拿给合作者或者同事看以寻求反馈,但就通常都是偷在稍团伙中进行。这种简单的享用很可能是为神经科学领域面临并无一个集中的优先印随服务之缘由。直到2013年生命科学领域才起了区区单注意让生物学的先行印随服务(Callaway,
2013; Van Noorden, 2012)。PeerJ公司的 PeerJ Preprints
(https://peerj.com/preprints/)
和 Cold Spring Harbor Laboratory 的 bioRxiv
(http://biorxiv.org)
都是于2013年才建立之预先印随服务,它们提供预印本寄存服务而有所在线举报和评论系统。提早得到反馈会帮作者修改和增长他们之章,为风期刊的同行评审做好准备。同时,评论者也堪因该针对性文章的奉献而当终极上之版中赢得致谢。然而,目前还是神经科学类预印本之萌芽阶段,bioRxiv和PeerJ
Priprents分别只有发56篇和38首神经科学文章(截至2013年11月1日,请圈报表1)。为促进预印本之接受度还用再多的鼎力。

发明1:神经科学相关预印本服务概览 (数据获得日期也2014年11月1日)

名称 范围 启动日期 链接 文献总数 神经科学相关 fMRI相关
arXiv 数学,物理,天文,计算机科学,定量生物学,统计,定量金融学 1991年8月14日 arXiv.org 984,747 475* 142***
bioRxiv 生命科学的各个分支,但不接受临床研究; 2013年11月11日 biorxiv.org 825 56** 6***
PeerJ PrePrints 生物科学,医药科学,健康科学。 2013年4月3日 peerj.com/preprints 581 38** 5***

*: 在arXiv上搜关键字“neuroscience”得到的文献数目.

**: 相应网站及“神经科学分类”中的文献数量.

***: 相应网站上摸索关键字“fMRI”得到的文献数目.

神经科学的下级分支神经成像学,尤其是小心让静息太的功能性核磁共振成像(R-fMRI),自出生于即尊崇开放之多寡分享
(例如, ADHD-200-Consortium, 2012; Biswal et al., 2010; Di Martino et
al., 2014; Hall et al., 2012; Mennes et al., 2013; Milham, 2012; Mueller
et al., 2005; Satterthwaite et al., 2014; Van Essen et al., 2013; Zuo et
al., 2014), 开放的软件同步享 (例如, Bellec et al., 2012; Rubinov & Sporns,
2010; Sikka et al., 2014; Song et al., 2011; Taylor & Saad, 2013;
Whitfield-Gabrieli & Nieto-Castanon, 2012; Xia et al., 2013; Chao-Gan &
Yu-Feng, 2010; Zang et al., 2012; Zuo & Xing, 2014) 和学习资源分享(例如,
Training Course in fMRI
(http://sitemaker.umich.edu/fmri.training.course)
and The R-fMRI Course
(http://rfmri.org/Course)).R-fMRI是一律种研究大脑相连运动之法,在基础、转化和看病神经科学中产生广泛应用。由于它对因为个人发展、老化和病魔所带的转变快(Andrews-Hanna
et al., 2007; Fair et al., 2008; Greicius, 2008; Zuo et al.,
2010),近年来,使用R-fMRI方法的钻更是红(Fornito & Bullmore, 2012;
Fox & Raichle, 2007; Kelly et al., 2012; Van Dijk et al.,
2010)。这无异于领域时每年发生靠近1000篇研究论文发表(见表1),并且上指数扩张趋势。这无异世界颇开放,也生更加多的研究者在进去,基于这,我们深信有同行评论功能的预印随服务会指向斯圈子的前行大有益处。

图片 1

图1. PubMed录取的R-fMRI相关文献数量 (搜索关键词: “resting+state+fmri”).

依据以上,我们揭晓了一个预印本发型模型,希望能催化R-fMRI和及该休戚相关的神经科学研究。我们拿PRN设计成一个社区资助,开放取得,免费投稿,同行审阅的优先印随服务。PRN的靶子是成民俗的备“同行评审”的期刊系统的加,为神经科学领域提供于世界快速交流时科研意识的平台。

万发引力让宇宙天体有秩序的运作,天文学家们认为它们活动的要命有规律一切都蛮和谐,很好死好,直到1937年底同一上发生一个为兹威基的天文学家观察了“后发座星系团”。兹威基所观察的继发座星系团,是一个孤立的、有过多星系的星系团,距离地约3亿光年。他下几十单星系的运动作为跟踪器,探测总体星系团组合在一起的引力场,发现它们的平分速度很得让人人心惶惶。速度挺,那么引力必然很强,也就表示继发座星系团的质量一定非常酷。但年威基管后发座星系团可见物质质量总量估计出来,发现远远低于从速度推算出来的成色总量。这也实属,按后发座星系团可见物质总量所发出的引力,无法给星系团边缘之星系围绕在星系团运动,这些速度快得惊人的星系应该早就飞出来了。链球速度最好抢,那个运动员抓匪歇了,链球嗖的平名飞活动了。“质量差?!”兹威基提出了此题目。之后几十年,其他天文学家通过观察和计算,发现其他星系团也显示了一致的题材。

技巧实现

PRN的落实是冲The R-fMRI
Network(RFMRI.ORG)成功实现达标的。The
R-fMRI
Network(RFMRI.ORG)是一个支持R-fMRI相关研究之平台。The
R-fMRI
Network以群底研究者为节点(node),研究就通过互连接和共享而建立联系(edge,边)。通过如此的一个网络,脑成像科研人员能过中之享受点子,评论,资源,工具,经验,数据与快速增长的大脑相关的知。具有基础、临床神经科学或方法学背景的科研人员可以由此是网络建立联系。The
R-fMRI
Network目前已经产生5000几近称作注册会员,我们一齐在增强互动间的搭档,以达以神经科学基础知识和研究方法转化为看病使用之目的。

The R-fMRI
Network(RFMRI.ORG)是一个整合了冲mailman(http://www.gnu.org/software/mailman/)的邮件列表服务之依据drupal(http://drupal.org)论坛系统。作为一个在线论坛,用户可以于The
R-fMRI
Network上披露研想法,讨论争议性问题,求助软件以问题,分享经历,报告初步结果,发起合作,甚至找工作会。The
R-fMRI Network是几个R-fMRI数据处理软件(例如,DPABI, DPARSF and
GraphVar)和在线上资源的底首发站,汇集了一部分怒放数据的链接和新颖为Pubmed收录的R-fMRI相关文献。网站有的讨论都见面由此邮件列表推送给登记用户,用户可于融洽的电子邮件客户端着对讨论贴直接进行恢复。

PRN时当RFMRI.ORG现存架构的基础及建构起的。向PRN提交手稿就像在网上论坛发帖一样简单:只待将稿子标题作为帖子标题,将手稿的扉页和摘要作为帖子内容,并将PDF版本的手稿全文作为帖子附件发布即可。之后,该预印本会被分配一个永恒的URL,获得有便利之近乎论坛的评论回复系统。所有的报用户会通过网站内建的邮件列表系统提醒有的用户产生新的章披露。此外,PRN还兼具以下的性状。

牛顿说,那不行我了?不克,牛顿的争鸣经过250年的查验通过了拥有的测试。

特性

爱因斯坦游说,那好我了?也非可知,星系团的引力虽然强大,但尚尚无凸起到需要为此爱因斯坦广义相对论重锤来加以解释。

预印本

PRN只领预印本投稿。作者们还可以用原告或者修改稿投向具有标准的同行评审机制的风期刊(只要该杂志接受曾作预印本通告过的始末)。PRN只会指向手稿的格式稍做检查,并联系文章的通信作者以确认投稿是透过通讯作者允许的。作为预印本服务,PRN既无提供同行评审,也未提供语言编辑服务。

这就是说要找个说明吧?

开得

投稿在PRN的有文章都见面以线免费提供。读者可以随便阅读,下载和评论别文章。所有的投稿都见面生投稿时间,并拿走一个可知用于引用的永久URL,并且会为谷歌学术索引。文章的URL类似于http://rfmri.org/PRN\_140828001,其中会时有发生章发表之日戳.

PRN并无求作者将文章的版权转交,但是PRN需要足够的权位来确保合法的保留和揭示稿件。PRN需要之准许信息可在http://rfmri.org/PRN\_140831001探望。总体说来,作者们急需为PRN授予非独占与不得取消的准许(non-exclusive
and irrevocable
license)、创作并用署名许可或者创作并用署名-非商业-相同方法共享许可之一。

1976年,一个被鲁宾的女性天文学家通过体察,推断必然存在着某种形式之暗物质,充满着所有星系。她研究了恒星绕在星系中心转动的进度,发现星系的可见有中,越向外的恒星,速度就越快(这个大易懂,链子10cm和10m,链球速度是全不等同的,链子越长,链球就越快)。但其发现,处在星系圆盘之外的片孤立的气体云和了解的恒星,它们的守则快,本应有乘机和基本的去增而降低还到以为零星(引力大小以及两岸相差的平方呈反比),而实际,其速还是大高(这个懂有若干不便,运动员拉正链子在改,链球随之运动,突然他发现竟来一个铜球在链球之外与链球同步运动,而生铜球没有链子)。鲁宾认为星系被及星系边缘,存在在暗物质,而且这些暗物质远远超越星系可见的边缘,这些暗物质在星系周围形成了相同种植“晕”(如下图1,蓝色的讲一样的就想象着的暗物质形成的眩晕)。如果难以理解,我们可以想个煎荷包蛋的镜头,把整个星系想象变为一个底部锅,星系可见有凡一个荷包蛋,荷包蛋之外的一对即使是蒙昧物质,暗物质形成了“晕”包围与满着星系。(如下图2)

免费投稿

以及任何开放得期刊不同之凡,PRN不为投稿的撰稿人收取任何费用。

贪图1:暗物质形成的头晕

同行“评阅”

PRN上的章会出于谢兴趣的读者及参谋进行“评阅”。PRN聘请世界内的师作顾问,每位顾问有白每6独月起码评论一首文章。PRN每月会评选“顾问推荐”和“读者推荐”的稿子。同时,PRN还会见评价出最“活跃”-获得最好多评论或者改-的篇章。通过这些主意,来促进对文章的举报及修正。

贪图2:星系的可见有凡是荷包蛋

社区资助

PRN的中标需要社区共同努力。我们鼓励用户捐助我们,来协助PRN。捐助地址是http://rfmri.org/HelpUs。捐助为自愿为尺度。

存在暗物质,这个说,让天文学家们看对对对。但暗物质到底是呀吧?找不至这些东西,没打明白,就如高考时解不发终极两志数学题,心里非常难受。

以及俗期刊的兼容性

科研人员可能会见担心传统的学术期刊可能会见拒绝发表已经当预印本以网络上流通的论文。为了清除这种忧患,PRN在神经科学,物理学和数学领域外之部分学术期刊的主编中提倡了一个有关预印本的超过学科的讨论。
一个物理学期刊的主编提到了 arXiv
在物理学研究被的贵重作用,物理学家们几乎每天还见面浏览arXiv上的先印随以博世界前沿动态。几号神经科学期刊的主编也肯定了她们之报接受曾颁布为预印本之手稿。

因开放获取信息数据库SHERPA的罗密欧(RoMeo)服务受到之音(http://www.sherpa.ac.uk/romeo),我们团队了一个PRN兼容期刊列表(http://rfmri.org/PRN\_20140921001)。准备向PRN投稿的作者请务必事先翻此列表,确认你的投稿目标杂志与PRN兼容,以避免向PRN投稿后影响你向少数正式期刊投稿。

结论

咱成立了PRN预印本服务,意在使该催化R-fMRI以及相关的神经科学研究。
我们经过叫预印本服务配置在线评论系统跟邮件通知系统来向R-fMRI社区推广领域会之战线研究,同时邀请世界外专家作顾问来评论预印本手稿。我们盼望PRN能够帮这无异天地内的科学家等奉预印本就同研究成果发布模式,进而加速R-fMRI以及有关的神经科学研究,最终促成增长人类的精神正常。


翻译手记

  • 正文译自 Yan C, Li Q and Gao L. PRN: a preprint service for
    catalyzing R-fMRI and neuroscience related studies [v1; ref status:
    awaiting peer review,
    http://f1000r.es/4ws\]
    F1000Research 2014, 3:313 (doi:
    10.12688/f1000research.5951.1
  • 姓名,网站名为,实验室称,和一部分并任正式中文翻译的专有名词,本文未予翻译。
  • 英文原稿按照 Creative Commons Attribution
    Licence
  • 本译文的参考文献请参考英文原稿,此处不译。
  • 自我并未翻译经验,加之本文也学术论文,译笔生涩,语言难免参差,还恳请各位不吝赐教。
  • PRN为自家时涉足的品类。翻译目的首先乎宣扬,第二啊普及这同样既新又总的在线出版概念。

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392496819,微信号:huaxiangco 和自联络。谢谢。


引用和版权

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